2013年12月13日，中心在中国科学技术大学理化大楼9004会议室召开了第一届理事会2013年第二次会议。会议由理事长侯建国院士主持，邓小刚、朱长飞、牛智川（代表李树深）、郭光灿、姜田（代表潘毅）、潘建伟、戴宁等理事参加了会议。
会议听取了中心主任潘建伟代表中心管理委员会对骨干成员聘任与晋升、专项资金使用、优秀博士后津贴和优秀研究生奖的设立等审议事项的介绍，进行了认真细致的讨论，对中心管理委员会提出的相关草案提出了修订意见，原则通过了《骨干成员聘任与晋升办法（试行）》、《专项资金使用办法（试行）》、《优秀博士后津贴实施办法（试行）》、《优秀研究生奖实施办法（试行）》等制度性文件，并授权中心管理委员会根据理事会意见修订后试行。
